2013年8月，國務院正式批準以洋山保稅港區、外高橋保稅區等4個海關特殊監管區域為載體，設立中國（上海）自由貿易試驗區。太倉港是國家定位的上海國際航運中心重要組成部分，是省委省政府重點建設的江蘇第一外貿大港，是蘇州和江蘇對外開放的重要平臺。
　　 經省、市政府同意，經過兩年多的協調，最近，太倉港與上海港成功簽署戰略合作框架協議。按照框架協議，太倉港將與上海港在碼頭操作平臺、物流運輸體系、通關一體化、信息共享、相關政策等方面開展主動對接。太倉港與上海港成功合作、全面對接上海國際航運發展綜合試驗區和自由貿易試驗區，對推動太倉港加快融入航運中心實現加快發展，支持和服務蘇州設立自由貿易試驗區，促進蘇州和江蘇經濟轉型發展，都將起到積極的推動作用。
 
        碼頭操作平臺對接
 
　　太倉港與上海港成立合資公司共同經營太倉港集裝箱三期下游兩個碼頭泊位
 
　　為破解多年來瓶頸制約，推動航運資源要素加速向太倉港集聚，形成寬松的市場發展環境，太倉港與上海港開展了多輪合作洽談，最近成功簽署了戰略合作框架協議。太倉港與上海港合資成立太倉港上港正和集裝箱碼頭有限公司，共同經營管理太倉港集裝箱三期下游兩個5萬噸級泊位（水工結構兼靠10萬噸級集裝箱船舶），太倉港港務集團有限公司持55%股份，上海港務（集團）股份有限公司持45%的股份。目前，合資碼頭公司已完成了資本金到位、工商登記、經營管理班子組建等一系列工作，并開始正式運營。與上海港成功合作，不僅引進了上海港資金、技術、人才、管理參與太倉港建設發展，也為社會航運資源要素進入太倉港創造了條件，更為太倉港融入上海航運中心、分享航運中心資源、參與航運中心分工、加入航運中心循環以及對接中國（上海）自由貿易試驗區搭建了基礎平臺。
 
　　物流運輸體系對接
 
　　開辟每8小時1班至洋山港支線班輪，全面引進近洋外貿航線
 
　　目前，大部分蘇錫常地區外貿貨物主要通過集卡陸路直運上海洋山港區或外高橋港區進出，長江中上游地區很大部分外貿貨物通過水路駁運至外高橋，再從外高橋中轉洋山港進出。為了切實解決蘇錫常地區外貿貨物集卡陸運洋山港費用高、道路堵、風險大等問題，解決外高橋港區擁堵狀況，緩解上海交通壓力，太倉港與上海港戰略合作框架協議明確，將加強兩港物流運輸體系的對接，把外高橋至洋山穿梭巴士平臺移植到太倉港，搭建太倉港至洋山港公共穿梭巴士平臺，引導蘇錫常地區集裝箱“棄路改水”從太倉港出運，將原本到外高橋集并的重慶、武漢等長江中上游地區外貿集裝箱調整至太倉港集并中轉。按照計劃，６月初投入8艘駁船，每艘艙位200－250標箱，開辟每周21班、每8小時１班“定點、定時、定線、定航次、定價”五定班輪，提供比陸路集卡直運物流模式更省、更快、更暢、更安全、更環保的遠洋中轉服務。據測算，僅長江中上游地區外貿集裝箱調整至太倉港集并中轉，太倉港每年將增加吞吐量60萬標箱。太倉港與上海港戰略合作框架協議還明確，太倉港與上海港將共同引導近洋外貿航線向太倉港轉移，力爭到今年年底太倉港近洋航線接近每周20班，其中日本航線達到每周8班，臺灣地區航線達到每周3班，韓國航線達到每周3班，東南亞航線能夠盡早開辟，推動太倉港加快建成江蘇沿江集裝箱運輸近洋直達集散中心和集裝箱干線港。
 
　　通關對接
 
　　太倉港至洋山港中轉貨物由兩次申報簡化為僅需在太倉港一次申報
 
　　一直以來，除海關信用評級為AA 類的企業外，大部分蘇州企業貨物經太倉港中轉洋山港進出，出口需在太倉海關辦理轉關手續，再到上海海關辦理通關手續；進口需在洋山港辦理轉關手續，再到太倉海關辦理通關手續，這種通關模式手續多、時間長、效率低、成本高、異地處理難。為認真貫徹落實黨的十八屆三中全會關于“推動內陸同沿海沿邊通關協作，實現口岸管理相關部門信息互換、監管互認、執法互助”的精神，太倉港將與上海港協商推動改革現有通關模式，努力實現滬太通關一體化。計劃將太倉港作為上海港的港口延伸，企業在太倉港與洋山港之間的中轉貨物，無論是進口還是出口，都不需要在洋山港辦理轉關和通關手續，僅需在太倉港辦理通關手續，真正實現貨物進出口只需“一次申報、一次查驗、一次放行”。目前，該項工作正在抓緊推進當中。
 
　　操作信息平臺對接
 
　　通過接入和運用上海港長江內支線中轉信息平臺，實現兩港信息共享共用
 
　　實現太倉港與上海港操作信息平臺對接，是實現滬太通關一體化的前提。目前，太倉海關信息系統與上海海關信息系統沒有完全實現互聯互通，不能完全實現電子通關信息的共享共用。同時，兩港碼頭操作系統也沒有實現完全互聯互通，貨物從太倉港通過駁船中轉洋山港，主要通過代理人工傳遞信息，中間環節多、手續繁雜、效率低下。為實現兩港信息共享共用，太倉港與上海港將開展信息對接合作，計劃打造兩港統一信息平臺，通過這個信息平臺，企業可為太倉港中轉洋山港的貨物辦理裝卸、轉運、通關等所有手續，并進行在線全程動態跟蹤，太倉和上海兩地海關作業狀態可以進行信息查詢，實現信息共享共用。
 
　　相關政策對接
 
　　努力爭取上海航運發展綜合試驗區和中國（上海）自由貿易試驗區相關政策在太倉港落地試行
 
　　2009年4月，國務院下發《關于推進上海加快發展現代服務業和先進制造業建設國際金融中心和國際航運中心的意見》（國發[2009]19號），決定建立國際航運發展綜合試驗區，并給予免征航運企業營業稅、實施啟運港退稅、創新海關特殊監管區域管理制度等一系列特殊政策。2013年9月，國務院出臺《中國（上海）自由貿易試驗區總體方案》，給予中國（上海）自由貿易試驗區一系列優惠政策。太倉港是國家定位的上海國際航運中心重要組成部分，擁有國家級綜合保稅區，太倉港與上海港建立了合作平臺，為爭取上海航運發展綜合試驗區和中國（上海）自由貿易試驗區相關政策在合作平臺上落地試行創造了基礎和條件。早在2011年底，太倉港口管委會就在蘇州工業園區、高新區、昆山設立三個服務中心，加強與當地政府和開發區溝通合作，做好相關政策爭取準備工作。2012年，太倉港口管委會與市政府、省交通運輸廳聯合委托上海組合港辦公室開展了“太倉港納入上海國際航運發展綜合試驗區和自貿區方案研究”，形成的研究成果得到了市委市政府的大力支持。在市委市政府領導下，當前，太倉港正加強與太倉港綜保區、園區綜保區、昆山兩岸產業合作試驗區等特殊監管區域的“區港聯動”，積極探索太倉港享受上海航運發展綜合試驗區乃至中國（上海）自由貿易試驗區相關政策爭取工作，努力爭取相關政策在太倉港落地試行，并為爭取蘇州自由貿易試驗區獲批提供支持和服務。目前，已先期啟動了太倉港成為“啟運港退稅政策”擴大試運港口爭取工作。